2016年上半年度，山东省教育厅同山东省财政厅一同宣布了2016年民办本科高校优势特色专业资助项目的入选专业目录，烟台南山学院的飞行器动力工程和环境设计这两个学科被列入其中。到目前为止，烟台南山学院已有七个优势特色学科获得了官方的财政支持。
据消息烟台南山学院各科专业，2014年山东省启动了民办本科高校优势特色专业扶持项目。烟台南山学院自2014年起，材料成型及控制工程、电气工程及自动化、旅游管理专业首批入选山东省民办本科高校优势特色专业名单，随后自动化、纺织工程、环境设计、飞行器动力工程等专业也获得了资助，每个获批项目一次性获得200万元经费支持。这些款项将侧重于优化实践操作环境,革新教学方式,完善学科课程体系,提升教师专业素养等方面,单个扶持工程周期为三年,项目完成之后会组织成果评估。
烟台南山学院材料成型及控制工程专业，与中南大学达成了教学合作意向，共同推进专业发展；中南大学选派专家，为该专业提供教学指导，并参与专业建设；依据教育部卓越工程师培养计划，每年选派十名学子，赴中南大学进行为期一年的学习深造；同时，借助学校与美国普渡大学合作办学的平台，邀请普渡大学教授来校，开设双语课程。另外，同北京理工大学在学科发展、科学研究等方面进行多维度协作，共同编辑教材和学术著作。
烟台南山学院电气工程及自动化专业与南山电力总公司联手，建立电力系统仿真实验室；北京千峰互联网公司参与，共建iOS实验室；旅游管理系与南山旅游集团达成协议，合作建设实践教学基地和师资队伍烟台南山学院各科专业，共同编写教材，培养企业急需人才，开展科研工作，重点提升学生的创新、创造、实践和就业能力，目标是将旅游管理专业在三年内打造为“立足南山、面向半岛、辐射山东”的特色专业；环境设计专业针对山东蓝色经济区的建设要求，革新校企合作模式，探索人才培养的新方法。
依据“山东高校毕业生就业信息网”发布的信息，2015年烟台南山学院所有毕业生的就业比例高达99.49%。该校每年均与南山集团、中煤工矿集团、中创软件等四十多家公司达成“订单培养”合作，促成专业开设、招生录取、教学过程及工作安置的紧密结合，毕业生对就业服务的认可程度达到了90%。
2013年，"烟台南山学院—南山集团公司工程实践教育中心"被授予国家级大学生校外实践教育基地称号。2014年，在民航局与教育部的共同许可下，该校增设了飞行技术本科学科。2016年，学校着手实施与青岛航空公司合作的项目，旨在为其量身定制培养60名航空飞行员。
